Η δομή, η διοίκηση και το προσωπικό των πέντε κύριων μουσείων, τα οποία έχουν μετατραπεί σε νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου, προστατεύονται πλέον πλήρως νομικά με τον Ν. 5021/2023 (Εθνικό Αρχαιολογικό, Βυζαντινό και Χριστιανικό, Αρχαιολογικό Θεσσαλονίκης, Βυζαντινό Πολιτισμό και Αρχαιολογικό Ηρακλείου), καθώς οι επιχειρησιακές τους οργανώσεις δημοσιεύθηκαν την 1η Αυγούστου στην Επίσημη Εφημερίδα.
Λόγω της πολύπλοκης διαδικασίας που απαιτείται, οι εργασίες για τους πέντε επιχειρησιακούς οργανισμούς (δηλαδή τους κανόνες για τη δημιουργία και την οργάνωση των μουσείων) δεν ολοκληρώθηκαν εντός οκτώ μηνών από τη σύσταση του πρώτου διοικητικού συμβουλίου κάθε μουσείου, σύμφωνα με τον νόμο αριθ. 5021/2023, ωστόσο είναι εντός του χρονικού πλαισίου, το οποίο, σύμφωνα με πηγές που γνωρίζουν τις διαδικασίες, θεωρείται σύντομο για τα ελληνικά δεδομένα.
Σε κάθε περίπτωση, η ύπαρξη του οργανισμού δίνει στους μόνιμους υπαλλήλους των πέντε μουσείων τη δυνατότητα που προβλέπει ο Νόμος 5021/2023 να αποφασίσουν μεταξύ δύο θεμάτων: είτε να συνεχίσουν να εργάζονται στα μουσεία ως υπάλληλοι αποσπασμένοι από το Υπουργείο Πολιτισμού είτε να αποκτήσουν το καθεστώς στο οποίο εντάχθηκαν σε σχέση με τη μετατροπή των μουσείων σε ΝΠΔΔ ή να αποχωρήσουν και να αναλάβουν θέσεις στο Υπουργείο Εσωτερικών στο οποίο έχουν ήδη τοποθετηθεί, εφόσον επιλέξουν αυτήν την επιλογή. Πηγές «Κ» Εκτιμούν ότι κάποιοι δυσαρεστημένοι εργαζόμενοι θα αποφασίσουν ουσιαστικά να αποχωρήσουν και η προθεσμία λήγει στα τέλη Αυγούστου.
Τέλος, η οργάνωση του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου επιβεβαιώνει, σύμφωνα με τη νομοθεσία, ότι το ίδρυμα αυτό αποτελείται πλέον από πέντε τμήματα, έναντι των άλλων τεσσάρων. Η πέμπτη κατεύθυνση του ΕΑΜ είναι η κατεύθυνση των τεχνικών υπηρεσιών, η οποία δημιουργήθηκε λόγω του μεγέθους του κτιριακού συγκροτήματος και της σχεδιαζόμενης επέκτασης και εκσυγχρονισμού του.
