Ο υποβιβασμός του Μονάχου στη δεύτερη κατηγορία τη δεκαετία του 1860 και ένα επεισόδιο με συμπαίκτη του τον οδήγησαν στην ομάδα νέων των τοπικών αντιπάλων Μπάγερν Μονάχιο το 1958. Ο σύλλογος, που έγινε γρήγορα η μεγαλύτερη ομάδα της πόλης, τον υπέγραψε το 1964 στην ανδρική ομάδα, όπου τελικά έμεινε για 14 χρόνια.
Σε Γερμανικό Πρωτάθλημα Ο Beckenbauer έκανε το ντεμπούτο του στις 6 Ιουνίου 1964 σε έναν αγώνα εναντίον του St. Πάουλι, όπου πέτυχε γκολ στα πλέι οφ ανόδου (4-0). Στην πρώτη του σεζόν στο Περιφερειακό πρωτάθλημα μικρόστορε (τότε δεύτερη κατηγορία στη Γερμανία) 1964–65 η ομάδα κέρδισε το πρωτάθλημα και τελικά κέρδισε την άνοδο στην Bundesliga.
Από τη στιγμή που έφτασε, η Μπάγερν άρχισε να διαμορφώνει τον θρύλο του και να γίνεται μια νέα παγκόσμια δύναμη σε επίπεδο συλλόγων. Έτσι ξεκίνησε χρυσή εποχή Γερμανικό ποδόσφαιρο και Μπάγερν Μονάχου, με τον Μπεκενμπάουερ στον κεντρικό ρόλο: κέρδισε δύο τρεμπλ ντοΠρωτάθλημα Γερμανίας (1972–1974) και Κύπελλο Πρωταθλητριών Ευρώπης (1974–1976), φτάνοντας σε μια ποδοσφαιρική κορύφωση που μόνο Ρεάλ Μαδρίτης τη δεκαετία του 1960 ήταν υψηλότερο.
Η αρχική του θέση ήταν δική του αμυντικός χαφ ή αριστερό χαφ, αλλά με τα χρόνια οπισθοχώρησε και καθιερώθηκε ως αμυντικός λίμπερο.
ΑΥΤΟ τη διεθνή του καριέρα έκανε το ντεμπούτο του με την εθνική ομάδα νέων της Δυτικής Γερμανίας εναντίον της Ελβετίας στις 8 Μαρτίου 1964, σημειώνοντας δύο γκολ σε μια νίκη με 2-1.
Έκανε το ντεμπούτο του με πολίτης της Δυτικής Γερμανίας Στις 29 Σεπτεμβρίου 1965, σε αγώνα με τη Σουηδία, που έληξε με νίκη 2-1 των Γερμανών. Κατέπληξε τον κόσμο στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1966 στην Αγγλία, σημειώνοντας τέσσερα γκολ καθώς η εθνική ομάδα έφτασε στον τελικό.
Η ασταμάτητη γερμανική μηχανή κέρδισε Παγκόσμιο Κύπελλο που ήταν ο οικοδεσπότης 1974 και έγινε η πρώτη ομάδα που κατέκτησε ταυτόχρονα τον ευρωπαϊκό και παγκόσμιο πρωταθλητή. Θεωρείται η καλύτερη εθνική ομάδα Γερμανικά/Δυτικά Γερμανικά όλων των εποχών. Η ομάδα αυτών των ετών δεν εντυπωσίασε με τον τρόπο που έπαιξαν, αλλά το ξεχώρισαν για αυτό αποτελεσματικότητα που την έκανε να ξεχωρίσει.
Το 1977, ο Μπεκενμπάουερ αποδέχτηκε ένα επικερδές συμβόλαιο για να παίξει στη Βορειοαμερικανική Ποδοσφαιρική Λίγκα (NASL) με την ομάδα Ο κόσμος της Νέας Υόρκης. Ο Μπεκενμπάουερ έγινε γρήγορα ηγέτης στο γήπεδο, αλλά η βελτίωση δεν ήταν άμεση και ο σύλλογος έχασε με 4–2 από τους Τάμπα Ρέι Ρόουντις στο πρώτο τους παιχνίδι. Έπαιξε για τέσσερις σεζόν μέχρι το 1980, την πρώτη του χρονιά ως συμπαίκτης Ο Πελέ και το κέρδισε η ομάδα Ποδόσφαιρο γαβάθα τρεις φορές (1977, 1978, 1980).
Στο τέλος της καριέρας του επέστρεψε στην πατρίδα του και αγωνίστηκε με την ιδιαίτερα δυνατή τότε ομάδα του για δύο χρόνια Αμβούργο (1980–82), κερδίζοντας τον τίτλο της Bundesliga στη δεύτερη χρονιά του και παίζοντας μια τελευταία σεζόν για τον σύλλογο Νέα Υόρκη το 1983, την περίοδο της παρακμής του ομίλου.
Συνολικά σημείωσε 111 γκολ σε 856 επίσημους αγώνες.
Προβιβάστηκε πέντε φορές στην Μπάγερν πρωταθλητής Δυτικής Γερμανίαςκαθώς και τρεις φορές πρωταθλητής Ευρώπης και ο ίδιος κέρδισε δύο φορές το βραβείο Χρυσή μπάλαμικρό
Μετά την αποχώρησή του από την ενεργό υπηρεσία, συνέχισε την επαγγελματική του σταδιοδρομία προπονητής ανέλαβε τη διοίκηση της εθνικής ομάδας της χώρας του, με την οποία την οδήγησε σε δύο τελικούς Μουντιάλ και έναν τίτλο.
Είχε και επιτυχημένη πορεία διοικητικός υπάλληλος εργάστηκε για πολλά χρόνια στην Μπάγερν, τη Γερμανική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία, αλλά και σε θέσεις διεθνούς ευθύνης.
Στις επιλογές της Διεθνής Ομοσπονδία Ιστορίας και Στατιστικής Το ποδόσφαιρο (IFFHS) ψηφίστηκε ως το τρίτο καλύτερο άθλημα του 20ου αιώνα μετά το Pele i Γιόχαν Κρόιφενώ σε ειδική ψηφοφορία μεταξύ των νικητών της Χρυσής Μπάλας που διοργάνωσε το γαλλικό περιοδικό France Football το 1999, κατέλαβε την έκτη θέση.